2025年8月29日，自然资源部、农业农村部以部门规章发布《永久基本农田保护红线管理办法》，提出永久基本农田保护红线在坚持整体稳定，确保国土空间规划确定的永久基本农田保护任务不突破的前提下，可以对布局进行正向优化。
对可以优化调整的，具体明确了五种情形，另外就是对耕地保护任务目标可以动态调整。
01高标建设
按照高标准农田建设规划实施的高标准农田建设项目开展必要的灌溉及排水设施、田间道路、农田防护林等农田基础设施配套建设，确需对少量永久基本农田布局调整的；
02土地整治
依据国土空间规划及相关规划对未利用、低效和闲置利用、损毁和退化土地及不合理利用土地实施土地综合整治，确需对少量永久基本农田布局进行优化调整的；
03农业设施
农村集体经济组织开展必要的灌溉及排水设施、农村道路、农田防护林等配套设施建设，确需对少量永久基本农田布局进行优化调整的；
04年度评估
县级人民政府自然资源主管部门会同农业农村等部门结合国土空间规划实施年度体检，对辖区内永久基本农田保护、利用、质量等情况进行年度评估，根据评估结果确需对少量永久基本农田布局进行优化调整的；
05工程项目
党中央、国务院批准设立的承担战略任务的重要功能平台、重大生态建设项目，为保障人民群众生命财产安全实施的重大居民迁建工程等；
县级以上人民政府自然资源主管部门会同农业农村等部门根据国土空间规划五年评估和国土调查结果、耕地质量变化情况等，综合耕地恢复、生态退耕等情况进行研究论证，确需对国土空间规划确定的耕地保护任务目标调整的。
对确实难以避让的，由国务院批准，办理农用地转用审批手续，主要有三种情形：
01
党中央、国务院明确支持的重大建设项目，中央军委及其有关部门批准的军事国防类项目，经国务院批准确需就地建设的遗址保护项目；
02
按程序纳入国务院投资主管部门重大项目清单的用地项目，纳入国务院审批国土空间规划的机场、铁路、公路、水运、能源、水利等基础设施项目；
03
法律、行政法规以及国务院自然资源主管部门规定的其他情形。
另外，还明确了三种特殊情形涉及占用永久基本农田的处理方式。
01涉及电力设施问题
依法可以按照原地类管理的架空电力传输线路、通信设施涉及的点状杆、塔确实难以避让永久基本农田的，应当在不妨碍机械化耕作的前提下，尽可能沿田间道路、沟渠、田坎铺设。铺设方案应当对永久基本农田的不可避让性以及对耕作的影响进行论证，报县级人民政府自然资源主管部门备案并加强监管。
02涉及矿业权问题
全国矿产资源规划明确的战略性矿产，以及地热、矿泉水等不造成永久基本农田损毁的非战略性矿产，允许在永久基本农田上设立矿业权。在永久基本农田划定前已经设立的非战略性矿产矿业权，允许在原矿业权范围内办理延续变更等登记手续，已取得探矿权申请探矿权转采矿权的，允许在落实保护性开采措施前提下，采取井下方式开采。
03容错纠错问题
因技术误差等原因将不符合划定要求的地块误划入永久基本农田的，由县级人民政府自然资源主管部门会同农业农村主管部门进行认定，逐级报省级人民政府自然资源主管部门。省级人民政府自然资源主管部门会同农业农村主管部门审核同意后，报国务院自然资源主管部门更新永久基本农田数据库。涉及补划的，由县级人民政府在永久基本农田年度评估中统筹落实。
需要注意的几个问题：
一是划定不实问题。在划定永久基本农田中，各地不同程度存在一些划定不实问题，给后续管理带来一系列麻烦，而且容易引发舆情。此前调查机构对地类认定已建立容错纠错机制，对永久基本农田划定，也将建立容错纠错机制。
二是农村道路问题。依据《关于严格耕地用途管制有关问题的通知》（自然资发〔2021〕166号）规定，农村道路不得占用永久基本农田。此次出台的《办法》适度放宽了限制，提出对农村道路等农业设施用地，确需占用少量永久基本农田的，可以调整补划（推荐阅读：农村道路与农村公路用地的区别）。
三是临时用地问题。《关于规范临时用地管理的通知》（自然资规〔2021〕2号）及相关文件规定：临时用地可以占用永久基本农田，制梁场、抖合站不能占用永久基本农田，但此次出台的《办法》未提及临时用地。《办法》提出“法律、行政法规以及国务院自然资源主管部门规定的其他情形”，也就是说，只要此前自然资源部的相关文件没有废止，或对相关规定未作出修改，就仍然有效。
四是公开查询问题。《办法》提出：永久基本农田划定落实到具体地块，并向社会公告。2024年9月23日，自然资源部永久基本农田查询平台已正式上线，向全社会提供永久基本农田查询服务。
